Pystanのインストール（anaconda環境）
のAnacondの仮想環境作成部分だけを独立させたものです。

インストール環境

Win10 pro 64 bit
Anaconda環境 (conda4.7)

リポジトリconda-forgeの追加

anacondaでは、conda とpipのインストールが混在すると環境が壊れることがあります。
condaとpip：混ぜるな危険
Jupyter Notebookが起動しないと思ったらAnaconda環境が壊れていた
ですので、できるだけcondaだけでインストールしたほうが良いです。
conda-forgeは、github上のコミュニティ主体のパッケージコレクションで、たくさんのパッケージを公開しており、condaのdefaultsでは見つからないパッケージをダウンロードすることが可能です。
condaのパッケージ参照リポジトリにconda-forgeをリポジトリ先に加えることがおすすめです。
condaが探すリポジトリ先を変更する方法(conda-forgeの追加)
以下参照記事のコピー

condaが探すリポジトリ先を確認します

conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority

defaultsを探しにいっていることがわかります。
そこで、探す先にconda-forgeを追加します。

$conda config --append channels conda-forge

conda-forgeが追加されたことを確認します。

$conda config --get channels
--add channels 'conda-forge'   # lowest priority
--add channels 'defaults'   # highest priority

conda仮想環境へのパッケージのインストール

anaconda promptまたは、WindowsでしたらPowershellを開いて

conda create -n 仮想環境名 python=バージョン （必要ならばその他のモジュール）
例えば

conda create -n stan python=3.6　jupyter pandas

と入力します。

-ｎ　の後は自由に名前を付けることができます。今回はstanとしています。
今回はpythonは3.6としています。
これでpython=3.6が入った仮想環境ができます。
同時にインストールしたいパッケージも併記すると、インストールしてくれます。

conda activate stan

と入力しstanの仮想環境に入ります。

そうすると
(base)C:\Users\username>　だったものが
(stan)C:\Users\username> に変わります。

ここでパッケージのインストールを行います。

conda install Cython Numpy pystan

jupyter notebookでの仮想環境の切り替え

Condaで作ってる仮想環境の切り替えをJupyter上で簡単に行う方法
Anacondaの仮想環境をJupyter notebookに反映させる方法

jupyter notebookからcondaで作成した仮想環境を簡単に使えるように設定します。
まず仮想環境のstanから抜けます

conda deactivate 
(base)C:\Users\username>　になります。

そこで、以下のコマンドを入力します。（以下、上記参照のコピー）

pip install environment_kernels
jupyter notebook --generate-config

~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
という設定ファイルが生成されていると思います。
このファイルをテキストエディターなどで開いて、以下の設定を書き込みます。

c.NotebookApp.kernel_spec_manager_class='environment_kernels.EnvironmentKernelSpecManager'
c.EnvironmentKernelSpecManager.env_dirs=['仮想環境が生成されているパス']

私の場合：　’仮想環境が生成されているパス’=　’C:\Users\Username\Anaconda3\envs’
これでJupyterでPystanが使える環境ができるはずです。

使い方

Powershellまたは、Anaconda promptを開いて

(base) PS C:\Users\username> cd C:\Users\username\stan
（開きたいDirectryここでは例としてstanとしておきます。)

(base) PS C:\Users\username\stan> jupyter notebook

Jupyterが立ち上がりjupyterファイルを指定（または新しく作成）します。