Jupyter Notebookを起動するとき、新しいウィンドウを開くときの設定です。
Windows版が意外に無かったので、書きました。

Jupyter Notebookを起動する時に自動で新しいウィンドウで開く
を参考にしました。Mac版です。

実行環境

Windows 10 (64bit)
Anaconda 4.4.0 (64bit)

準備

設定ファイルの作成。

 > jupyter notebook --generate-config

Anacondaをインストールした場所に <ユーザー>/.jupyter/jupyter_notebook_config.py等に生成されます。

設定変更

jupyter_notebook_config.pyからc.NotebookApp.browserを探して、以下に変更。

c.NotebookApp.browser = '\"C:\\Program Files (x86)\\Google\\Chrome\\Application\\chrome.exe\" %s --new-window'

%sがURLで、–new-windowが新しいウィンドウで開くことを意味しています。

exeを「”」を囲んでから、オプションを指定するなんて、思いつきません。