Pythonで3Dデータの可視化を行うため、 Mayavi の導入を行いました。

本記事の内容は、

• Anaconda3によるPython環境

Linux オペレーティングシステム

のもとで行いました。

なお、以下の記事も参考にしています。
+ Python3.6 で Mayaviを動かす
+ Jupyter notebookでMayaviを使う時の設定

Mayavi のインストール

Mayaviの導入には色々な周辺ライブラリのインストールが必要です。特に後述するvtkにはバージョン指定が必要だったりするので、他の作業環境を壊さないよう、専用の仮想環境内を整えることにします。

Anacondaでpython 3.6のための仮想環境を作成するには

conda create -n mayavi python=3.6

を行います。
ここでは mayavi という名前の仮想環境を作成しました。
仮想環境内に入るためには

source activate mayavi

を実行します。

必要なライブラリを conda-forge チャンネルからインストールします。

conda install -y -c conda-forge qt pyvtk pyside envisage mesalib

なお、この記事 では vtk, mayavi も conda コマンドからインストールするよう書いてありますが、そのまま実行するとインストール自体は終了するものの

python -c "from mayavi import mlab"

のように mayavi をインポートしようとすると

ModuleNotFoundError: No module named 'vtkIOParallelPython'

と言われ、インストールがうまく行っていないことがわかります。
どうも Anaconda にある vtk のバイナリパッケージに不具合があるらしく、このままでは使うことができません。

そのため、今回は vtk と mayavi をpipからインストールすることにしました。
(その際にCythonも必要なのでAnacondaから入れておきます。)

conda install cython
pip install vtk mayavi

インストールの確認

うまくインストールできているか確認するため、以下を実行します。

from mayavi import mlab
mlab.test_plot3d()
mlab.show()

JupyterでMayaviを使う

参考

Jupyterノートブック内でMayaviを表示させます。
まだこの環境には mayavi を動かす最低限のライブラリしかインストールできていないので、必要に応じてライブラリをインストールしましょう。
ここでは、numpy, scipy, jupyter をインストールします。

conda install numpy scipy jupyter

さらに、Jupyter内で mayavi を表示させるためには Jupyter の拡張機能が必要です。 公式サイト に従って、これについてもインストールします。

jupyter nbextension install --py mayavi --user

Jupyterノートブック内で、

from mayavi import mlab
mlab.init_notebook()

mlab.test_plot3d()

とすると、ノートブック内に描画できます。